Hiện nay, việc thực hiện chế độ báo cáo trong ngành y tế được thực hiện và quản lý theo mô hình đa cấp. Cấp xã, phường, thị trấn thì báo cáo lên quận, huyện, thành phố; Cấp quận, huyện, thành phố thì báo cáo lên Sở, tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Cấp Sở thì báo cáo lên Bộ. Hầu như tất cả các báo cáo đó đều dùng giấy tờ, ghi chép lại dẫn đến tình trạng mang lại những con số thống kê không đáng tin cậy, thiếu chính xác. Hệ thống báo cáo giấy này làm tiêu tốn nhiều tiển của, công sức cho việc gõ văn bản, in ấn, chuyển giao bằng bưu điện hay tự túc, nhập liệu lại, thống kê lại... Không những thế nó còn mang lại rất nhiều khó khăn đối với các cán bộ tại các Trạm y tế xã. Bởi vì nguồn nhân lực của các Trạm y tế vốn rất ít, chỉ có 3-5 người nhưng ngoài chức năng khám - chữa bệnh ban đầu thì các Trạm y tế còn thực hiện rất nhiều chương trình mục tiêu y tế quốc gia. Chỉ riêng việc ghi chép sổ sách, thống kê, báo cáo hàng tháng, theo từng chương trình cũng đã mất rất nhiều thời gian của cán bộ y tế ở đây.

Trước những khó khăn trên, vào năm 2009, Bác sĩ Lê Thái Bình, Giám đốc Trung tâm Y tế huyện An Nhơn, đã tranh thủ kinh phí tài trợ của dự án “Tăng cường năng lực hệ thống y tế cơ sở cho một số tỉnh trọng điểm giai đoạn 2007-2010” do Liên minh toàn cầu về Vắc-xin và Tiêm chủng (GAVI) tài trợ (gọi tắt là dự án GAVI) để triển khai hệ thống quản lý thông tin y tế tại Trạm y tế xã. Hệ thống quản lý thông tin y tế tuyến xã đã đem lại hiệu quả trong công tác quản lý, đưa tin học hóa tới các trạm y tế, xây dựng kho dữ liệu số (danh sách dân cư, địa bàn quản lý phục vụ cho chương trình tiêm chủng mở rộng và báo cáo thống kê của trạm y tế xã). Ưu điểm của hệ thống quản lý thông tin y tế tuyến xã là chương trình tiêm chủng mở rộng và thống kê, báo cáo. Các trạm chỉ cần lập danh sách, dữ liệu của trẻ và phụ nữ trong độ tuổi một lần và có thể quản lý trong nhiều năm.

Trước khi có hệ thống này thì cán bộ y tế phải tính bằng tay từng số mũi tiêm cho trẻ để làm báo cáo đối với chương trình. Từ khi có hệ thống này chỉ cần “click chuột” là xong. Nhờ có phần mềm này nên việc kiểm tra những trẻ chưa được tiêm chủng, hay phải tiêm mũi nhắc lại sau nhiều năm trở nên đơn giản hơn nhiều. Việc thực hiện các thống kê, báo cáo từ tuyến dưới lên tuyến trên cũng nhanh chóng, chính xác và hiệu quả hơn. Các nhân viên y tế ở cơ sở nhờ đó mà tích cực học tập nâng cao kiến thức tin học và dành nhiều thời gian hơn cho công tác nghiên cứu, chăm sóc sức khỏe người bệnh. Đối với các đơn vị quản lý cấp trên có thể có được những dữ liệu, số liệu chính xác phục vụ công tác quản lý và xây dựng chiến lược phát triển, lập kế hoạch của ngành Y tế.

CNTT đang dần chứng tỏ tầm ảnh hưởng rất lớn đến mọi mặt của đời sống xã hội. Đối với hoạt động của ngành y tế, có thể thấy rằng, CNTT ngày càng đóng vai trò quan trọng, góp phần đẩy mạnh cải cách hành chính trong công tác quản lý, điều hành. Tuy nhiên, mức độ đầu tư, đặc biệt là ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý các chương trình mục tiêu y tế quốc gia ở tuyến y tế cơ sở vẫn còn bỏ ngỏ.